基因一致性分析软件(软件工具CGVIEW微生物基因组分析软件)
原创 云生信学生物信息学
文献解读|期刊推荐|代码
铁死亡|免疫浸润|肿瘤微环境
简单介绍:
CGVIER是一款非常好用的微生物基因组分析软件,它的功能包括:
1. GC含量,GC skew- ,GC skew 计算;
2. ORF, 起始密码子,终止密码子等的检测。
软件网站地址:
http://wishart.biology.ualberta.ca/cgview/
使用过程:
以一组基因分析为例:
1. 文件准备以及格式:
1) 基因组文件:为细菌的基因组序列(fasta格式,或者gbk格式)
2) 标记基因文件:表头必须为以下8列(红色列必须给出,其他列的值可空或者用‘.’代替)
'seqname' 基因名字
'feature' 基因类别 (CDS, rRNA, tRNA, other) or 或者 COG 分类 (J for example).
'start' 和'end' 起始终止位置
'strand' 正负连
3) blast结果文件(demo)
这些列必须得有数据:query_id, %_identity, q_start, q_end,alignment_length, evalue,其他可空。
2. 生成XML文件:
perl cgview_xml_builder.pl -sequence demo.fa -output contigs.fa.xml -tick_density 0.7 -linear T -size large -gene_decoration arc -genes annotion1.pos connect_seq.pos -blast gene.blast -hit_labels T
3. 生成图片
java -jar -Xmx1500m cgview/cgview.jar -i contigs.fa.xml -o map.png -f png
总结:小基因组分析软件:展示全基因组的信息,自动计算GC含量和偏移,分析十分方便。
,免责声明:本文仅代表文章作者的个人观点,与本站无关。其原创性、真实性以及文中陈述文字和内容未经本站证实,对本文以及其中全部或者部分内容文字的真实性、完整性和原创性本站不作任何保证或承诺,请读者仅作参考,并自行核实相关内容。文章投诉邮箱:anhduc.ph@yahoo.com