snp分型结果 来点简单的临床SNP套路

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基础和临床都适用，一个相当万金油的套路

如果你还记得分子生物学书上的一点内容的话，对“单核苷酸多态性（SNP）”这个词应该不会感到陌生，它主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。

基因的SNP大家应该比较容易理解，基因上的一个核酸被替换掉了，A变成G，T变成C。但miRNA的SNP，大家应该就听到的比较少了吧。miRNA本身长度才21个核酸左右，一个核酸发生变化其实有可能会影响它与靶基因的结合。

那么如何对这一现象进行研究呢？小鹿打算将两个正面的角度和一个衍生的角度介绍给大家。今天先给大家介绍第一个正面的角度，参考的是一篇论文于2019年发表在《OncoTargets and Therapy》上，影响因子3.046分。特点是没有实验、不做实验、无需实验。

从标题我们就可以看到这篇论文的主要内容是miRNA-499的参考SNP（Reference SNP， rs）rs3746444与食管胃结合部癌（AEG）的风险和淋巴结状态的关系。其中的>号表示A变为G，在这里可以理解为A变为G与发生AEG有关，A>G的变异是个危险因素。

下面来给大家介绍下主要内容：

1 基线特征

展示了纳入研究的病人结构特征和危险因素的情况，发现吸烟和饮酒是罹患AEG的危险因素。

然后展示了rs3746444 的一些基本信息，包括染色体位置，基因组版本，次要等位基因频率。

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miRNA-499的rs3746444与AEG的关系

首先展示了不同基因型的病人频数和频率特征，然后比较了不同分组下不同基因型之间差异。发现在整体人群中，GA VS AA 组的OR值（比值比、优势比）大于1，且统计显著，表示GA是个危险因素。

分组来看，Stage I/II组与control组间的比较结果不显著，但stageIII/IV与control组相比则结果显著，也就是说GA这种基因型在stageIII/IV中是危险因素（问题来了，Stage I/II VS stage III/IV呢？）。

两个核酸发生变异，也就是GG这种基因型与control组相比，没有统计学意义的影响了，奇怪不？将GA与GG合并来看，则在overall、Stage I/II、stageIII/IV中都有显著的结果，说明只要发生G到A的变异，不管1个碱基还是两个碱基，都是危险因素。

而GG VS GA/AA这组的意义想知道，发生2个碱基的变异与只发生1个或者0个相比，是不是有啥不一样？统计结果不显著，说明发生1个碱基的变异对GA/AA组的影响很大！

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不同亚组中miRNA-499 rs3746444 A> G多态性与AEG的关系

在这部分中，作者发现男性中AG这种基因型是危险因素，发生了两个碱基变异的GG型则不显著，而AG/GG还是显著的，说明男性中不能允许1个碱基变异（AG），发生2个就没啥影响了（GG），但最好不要变异（AG/GG）。女性恰好相反，发生1个碱基变异时不显著的，发生2个碱基变异就不能忍了。

GG VS AG/AA的结果显著也更是加强了这一点：你搞事一次没关系，真没关系，两次就没法忍了！年龄、吸烟、饮酒与变异体的关系都和男性的结果一样，变异一个碱基AG就是危险因素了，变异两个碱基的GG是没啥显著关系的。

最后一部分作者研究了不同变异与淋巴结之间的关系，发现都没有显著的结果。也就是说虽然不同变异体与AEG的有关系，但是淋巴结阳性没有啥关系。

总结下来，小鹿给大家介绍的第1个正面角度是个临床型研究，研究SNP与临床特征的关系。

小鹿也提示大家，这篇文章里研究的临床因素还是比较少的，大家可以根据自己的临床实际研究更多的表型、症状或特点与不同变异体之间的关系。比如说预后？

祝大家研究顺利！

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