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python的三维画图(python处理DICOM并计算三维模型体积)

更多 时间:2022-01-20 00:04:06 类别:脚本大全 浏览量:630

python的三维画图

python处理DICOM并计算三维模型体积

在已知DICOM和三维模型对应掩膜的情况下,计算三维模型的体积。

思路:

1、计算每个体素的体积。每个体素为长方体,x,y为PixelSpacing,z为层间距

使用pydicom.read_file读取DICOM文件,dcm_tag.PixelSpacing获取像素间距,dcm_tag.SliceLocation 获取层间距

2、计算体素的个数

代码如下:

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  • from PIL import Image
  • import numpy as np
  • import pydicom
  • import os
  •  
  • def get_pixels_No(bmp_data_dir):
  •   pixels_No = 0
  •   bmp_files = os.listdir(bmp_data_dir)
  •   for bmp in bmp_files:
  •     bmp_file = os.path.join(bmp_data_dir,bmp)
  •     img = Image.open(bmp_file)
  •     img_array = np.array(img)
  •     # img_array.dtype为布尔类型,需要转换为Int类型,其累加和恰好为体素总和
  •     img_array_int = img_array.astype(int)
  •     pixels_No = pixels_No+img_array_int.sum()
  •   return pixels_No
  •  
  • def get_pixel_info(dcm_data_dir):
  •  
  •   pixel_infos = []
  •   dcm_files = os.listdir(dcm_data_dir)
  •  
  •   dcm_file_1 = os.path.join(dcm_data_dir,dcm_files[0])
  •   dcm_tag_1 = pydicom.read_file(dcm_file_1)
  •   # 获取像素间距.
  •   spacex, spacey = dcm_tag_1.PixelSpacing
  •   # 获取层间距
  •   # 有些 dcm图像并不是按照InstanceNumber进行排序的,不能直接用最后一张的slicelocation减去第一张,再除以张数
  •   SliceLocations = []
  •   ImagePositon_z = []
  •   for dcm in dcm_files:
  •     dcm_file = os.path.join(dcm_data_dir, dcm)
  •     dcm_tag = pydicom.read_file(dcm_file)
  •     SliceLocations.append(dcm_tag.SliceLocation)
  •     ImagePositon_z.append(dcm_tag.ImagePositionPatient[2])
  •   SliceLocations_max =max(SliceLocations)
  •   SliceLocations_min =min(SliceLocations)
  •   ImagePositon_z_max = max(ImagePositon_z)
  •   ImagePositon_z_min = min(ImagePositon_z)
  •   print(SliceLocations_max)
  •   print(SliceLocations_min)
  •   print(ImagePositon_z_max)
  •   print(ImagePositon_z_min)
  •   if SliceLocations_max - SliceLocations_min < 1e-10:
  •     spacez = abs(ImagePositon_z_max - ImagePositon_z_min)/(len(dcm_files)-1)
  •   else:
  •     spacez = abs(SliceLocations_max - SliceLocations_min)/(len(dcm_files)-1)
  •   pixel_infos = [spacex, spacey, spacez]
  •  
  •   return pixel_infos
  •  
  • def get_volume(dcm_data_dir,bmp_data_dir):
  •   pixel_infos = get_pixel_info(dcm_data_dir)
  •   pixels_No = get_pixels_No(bmp_data_dir)
  •   volume=pixel_infos[0]*pixel_infos[1]*pixel_infos[2]*pixels_No/1000
  •   return volume
  •  
  • # dcm = pydicom.read_file(r"E:\20181210090945_LENG HONGYING F-44Y\Venous\0000.dcm")
  • # print(dcm)
  • # print(dcm.ImagePositionPatient[2])
  • # print(dcm[0x0020, 0x0032].keyword,dcm[0x0020, 0x0032].value)
  •  
  • volume=get_volume(r"E:\20181210090945_LENG HONGYING F-44Y\Venous",r"E:\20181210090945_LENG HONGYING F-44Y\Results\LungL")
  • print("体积为%.1f"%volume)
  • 以上就是本文的全部内容,希望对大家的学习有所帮助,也希望大家多多支持开心学习网。

    原文链接:https://blog.csdn.net/yaoliuwei1426/article/details/85680152

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